9 октября 2019 г. в 17.00 в зале Научного совета ПСПбГМУ им. акад. И.П. Павлова (ул. Льва Толстого д. 6-8Б, корп. 2) состоится научный семинар кафедры общей и биоорганической химии и кафедры биологической химии на тему «Моделирование вирусов с атомистическим разрешением: что может молекулярная динамика и для чего она нужна?»
Докладчик - Dr. Дмитрий Нерух
Systems Analytics Research Institute
Department of Mathematics
Aston University (UK)
Аннотация
Современные суперкомпьютеры могут моделировать биомолекулярные системы размером в десятки миллионов атомов, дополняя экспериментальные данные рентгеновской кристаллографии и, особенно, измерения криоэлектронной микроскопии, которые предоставляют структурную информацию о таких системах, как вирусы или клеточные органеллы. В своём выступлении Д. Нерух расскажет о примерах моделирования с помощью молекулярной динамики, сосредоточив внимание на ограничениях метода, технических и концептуальных. Д. Нерух также опишет возможные пути преодоления этих ограничений, в частности, используя мультифизические подходы к методологии моделирования, например, сочетая молекулярную динамику с численными методами гидродинамики.
Общая информация
После получения степени доктора наук в Харьковском государственном университете на Украине, а также позиций постдока в различных университетах Великобритании и США доктор Д. Нерух работал старшим научным сотрудником на химическом факультете Кембриджского университета в Великобритании, а затем занял постоянную должность в Астонском университете в качестве лектора. Работа Д. Неруха привела к разработке оригинального численного метода для квантовой динамики Бома и принципиально новых подходов к комплексной динамике классических молекулярных систем, которые применяют современную математическую теорию сложности динамических систем к самоорганизующимся молекулярным системам. Его последние исследования включают разработку многомасштабной гибридной системы молекулярной динамики / гидродинамики для моделирования больших биомолекулярных систем на нескольких пространственных и временных масштабах одновременно. Д. Нерух опубликовал более 60 статей и координировал несколько крупных международных исследовательских проектов.
